Forma parte  importante de la Clínica de Mérida, ya que este departamento empezó a brindar atención casi al par del  inicio de  la clínica. Es un departamento   especializado en la atención de los recién nacidos tanto sanos como enfermos,  desde el momento en que nacen hasta los 30 días de vida.  El departamento se encuentra dividido en 3 secciones:

Cunero Fisiológico: área en la cual se ubican los niños sanos,  que nacen en la clínica, internados hasta que  la madre es dada de alta, proporcionándoles  las rutinas propias del recién nacido, los beneficios de la lactancia matera, y la integración del binomio madre-hijo, en respuestas a las nuevas tendencias de la Pediatría y la  Puericultura.

Cuidados Intensivos: unidad en la cual se  brinda atención altamente especializada  y  personalizada al  paciente neonato que nacieron en el hospital y a los  procedentes de otras instituciones, los cuales presentan un  estado critico, con patologías potencialmente reversibles  y que ponen   en riesgo su  vida.

Cuidados Intermedios: es el área del servicio de Neonatología en la que se brinda atención a los recién nacidos del hospital o procedentes de otras instituciones  que han salido de una situación critica, pero que  aun necesitan de una especial atención, una estrecha vigilancia y/o ganancia de peso.